Sejak lama, TMII dikelola oleh Yayasan Harapan Kita selama hampir 44 tahun. Namun, kini TMII telah diambil alih oleh Pemerintah melalui Kementerian Sekretariat Negara (Kemensetneg). Hal ini berdasarkan rekomendasi BPK untuk memberikan manfaat lebih luas bagi masyarakat.
Yayasan Harapan Kita didirikan oleh istri Presiden RI ke-2, Tien Soeharto. Tetapi sekarang, pengelolaan aset negara TMII diambil alih oleh Kemensetneg. Presiden telah menerbitkan Perpres 19 Tahun 2021 tentang TMII, yang berarti berhenti pengelolaan sebelumnya oleh Yayasan Harapan Kita.
Kemensetneg berkomitmen melestarikan TMII sebagai sarana edukasi, pengembangan budaya bangsa, dan bermatra budaya nusantara. TMII akan dijadikan cultural theme park dengan standar internasional yang diharapkan menjadi jendela Indonesia di mata internasional.
Selain itu, TMII akan menjadi sentra untuk mendorong inovasi, kerja sama para generasi muda di era revolusi industri 4.0. Ini menjadi sarana wisata edukatif, relevan, dan inspiratif bagi masyarakat.
Kemensetneg memberikan amanah kepada PT Taman Wisata Candi Borobudur, Prambanan dan Ratu Boko (PT TWC) untuk mengelola TMII sejak 1 Juli 2021 sesuai Akta Nomor 01. PT TWC berkomitmen penuh dalam pengembangan TMII.
Melalui kerja sama, PT TWC menunjuk anak perusahaan, PT Bhumi Visatanda Indonesia (Bhiva), untuk melakukan operasional pengelolaan TMII. Direktur Utama PT TWC menjelaskan bahwa dengan adanya entitas terpisah, PT Bhiva diharapkan mampu fokus mengelola TMII agar dapat mengoptimalkan daya guna dan hasil guna pengelolaan.